Bioinformatikerin / Bioinformatiker

Entwicklung, Validierung, Wartung und Fehlerbehebung klinischer NGS-Workflows für Panels, WES und WGS – von Varianten-Calling und Annotation bis zur Qualitätskontrolle und Datenübertragung. Automatisierung und Optimierung reproduzierbarer Bioinformatik-Workflows mithilfe von Skripten, Workflow-Managementsystemen und containerisierten Umgebungen. Entwicklung und Pflege von Datenbanken, Qualitätskennzahlen und Monitoring-Tools für Sequenzierleistung, Workflows und Metadaten. Weiterentwicklung von Anwendungen und Benutzeroberflächen für den einfachen Zugriff auf Sequenzierdaten, Qualitätskennzahlen und Variantenannotationen. Integration und Optimierung von Labor-Workflows in sLIMS sowie Sicherstellung des Datenaustauschs zwischen Laborsystemen, Geräten und Bioinformatik-Pipelines in enger interdisziplinärer Zusammenarbeit.

Die Insel Gruppe bildet mit dem Inselspital, Universitätsspital Bern, den Spitälern Riggisberg, Aarberg, Belp und dem Berner Reha Zentrum Heiligenschwendi das grösste medizinische Vollversorgungssystem der Schweiz; von der Spitzenmedizin bis zur Grundversorgung. Über 11 000 Mitarbeitende aus 102 Nationen sorgen dafür, dass unsere Patient:innen gemäss den neuesten Entwicklungen, Methoden und Möglichkeiten der Medizin behandelt werden.

• Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder einem verwandten Fachgebiet beziehungsweise gleichwertige praktische Erfahrung

• Gute praktische Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting sowie ein grundlegendes Verständnis der Hochdurchsatzsequenzierung und zugehöriger Analyse-Workflows

• Freude an komplexen technischen Fragestellungen sowie eine strukturierte, zuverlässige und selbstständige Arbeitsweise

• Lernbereitschaft und Motivation, sich schrittweise in der klinischen Bioinformatik und im NGS-Workflow-Engineering fachlich weiterzuentwickeln

• Gute Kommunikations- und Teamfähigkeit sowie gute Deutsch- und Englischkenntnisse

• Von Vorteil: Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC-Umgebungen, NGS-Analyse-Tools, Java oder Groovy, klinisch-diagnostischen Abläufen sowie Docker oder Singularity